Desa Bontomanai, yang terletak di wilayah yang strategis, menyebar secara luas seluas 1.057 hektar. Berbatasan dengan Desa Manakku di timur, Selat Makassar di barat, Kelurahan Kundata Baji di selatan, dan Desa Kanaungan di utara, desa ini terbagi menjadi tiga dusun utama: Kabirisi, Bontomanai, dan Binangatoa. Wilayah ini mencakup sekitar 800 hektar tambak, 16 hektar lahan pertanian, dan sekitar 241 hektar lahan kosong dan pemukiman.